分清需就地分摊缴纳企业所得税的分支机构。

　　根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号，以下简称57号公告）第四条规定，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。其中，二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。

　　同时，57号公告第十六条规定，总机构设立具有主体生产经营职能的部门，且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构。也就是说，可以分摊缴纳企业所得税的二级分支机构有三个：A公司的主体生产经营部门、B分公司和C分公司。

　　值得注意的是，有五类二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。其中包括：不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构；上年度认定为小型微利企业的；当年新设立的二级分支机构；当年撤销的二级分支机构；汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构。由于C分公司为当年新设立分支机构，所以，2018年只有A公司的主体生产经营部门和B分公司，需要就地分摊缴纳企业所得税。

各分支机构计算需分摊的比例。

　　根据57号公告第十五条规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

　　具体计算公式为：某分支机构分摊比例＝（该分支机构营业收入÷各分支机构营业收入之和）×0.35＋（该分支机构职工薪酬÷各分支机构职工薪酬之和）×0.35＋（该分支机构资产总额÷各分支机构资产总额之和）×0.30。

　　也就是说，2018年度A公司主体生产经营部门分摊比例＝2500÷3500×0.35＋40÷70×0.35＋1500÷3000×0.30＝60%；B分公司分摊比例＝1000÷3500×0.35＋30÷70×0.35＋1500÷3000×0.30＝40%。

各分支机构按季度预缴纳税。

　　57号公告第六条规定，汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳。

　　也就是说，A公司2018年各季度汇总计算的应纳所得税额＝300×25%＝75（万元），各季度应分摊的所得税额＝75×50%＝37.50（万元）。同时，A公司的各分支机构各季度需分摊的所得税额＝75×50%＝37.50（万元），按照第一步计算的各分支机构应分摊比例，A公司主体生产经营部门各季度分摊的所得税额＝37.50×60%＝22.50（万元），B分公司各季度需分摊的所得税额＝37.50×40%＝15（万元）。

　　整体上来看，A公司总分机构2018年累计预缴的应纳所得税额＝75×4＝300（万元）。

分支机构根据总机构年度汇算清缴情况，分摊应缴或应退税额。

　　根据57号公告第十条规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起五个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。也就是说，在哪里入库就从哪里退税。

　　2018年度，A公司应纳所得税额＝1000×25%＝250（万元），小于A公司总分机构本年累计预缴的300万元。那么，A公司本年应退的所得税额＝300－250＝50（万元）。A公司所属分支机构分摊本年应退的总所得税额＝50×50%＝25（万元），其中，A公司主体生产经营部门应退的所得税额＝25×60%＝15（万元），B分公司应退的所得税额＝25×40%＝10（万元）。

　　A公司在完成企业所得税年度纳税申报时，应填报《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》和《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》，B分公司需据上表完成当年的企业所得税年度纳税申报。